Trong quá trình hoạt động, nhóm của họ đã lôi cuốn một thiếu nữ quý tộc tên là Clara. Chúa nhật Lễ Lá năm 1212, Clara trốn khỏi gia đình đến gặp Phanxicô, nhưng vì là nữ nên Phanxicô chỉ cắt tóc cho cô tại nhà nguyện nhỏ Porziuncula như một dấu chỉ cô đã dâng hiến cho Thiên Chúa để hình thành một nhóm nữ tu riêng. Nhóm nữ tu này cũng thu hút được nhiều thiếu nữ khác. Đến năm 1218 (hoặc 1219), nhóm của Clara được giáo hoàng chấp thuận như là một tu hội kín theo lý tưởng của anh em hèn mọn gọi là Dòng Chị Em Thanh Bần. Sau này, ngành dòng nữ Phanxicô thường được gọi là Dòng Nhì.

Trong khoảng từ năm 1210 đến 1211, hoạt động của Phanxicô phát triển lan rộng. Ông đã phái gửi nhiều đồng môn đi khắp nơi để truyền giáo. Năm 1221, một cặp vợ chồng thương gia ở Florence cũng bị cuốn hút nên xin gia nhập dòng, nhưng vì họ đã kết hôn nên chỉ sống theo lý tưởng của anh em hèn mọn trong đời sống dân sự. Đây là hình thức xuất phát của ngành Dòng Ba, gọi là Phan Sinh Tại Thế.